Trong thiên nhiên ngoài mycobacteria tuberculosis còn nhiều loại mycobacteria khác (mycobacteria không điển hình) có ở khắp nơi. Chỉ có M. Hahsasii và M. avium intracellulare – cũng gọi là M. avium phức tạp (MAC) là những nguyên nhân quan trọng gây bệnh phổi ở người có thể phân biệt trên lâm sàng với M.tuberculoris. Chẩn đoán dựa vào việc phát hiện chủng gây bệnh qua nuôi cấy nhiễm MAC do tỷ lệ bệnh nhân AIDS tăng vì thế trực khuẩn lao lan truyền và gây bệnh được ở bệnh nhân HIV âm tính, tổng số nhiễm khuẩn phổi do mycobacteria không lao tăng. Cấy đờm có trực khuẩn lao không điển hình không chứng tỏ sự hiện diện của trực khuẩn này vì nó có thể là thực vật hoại sinh trong đường hô hấp hay nhiễm từ môi trường cấy đờm dương tính có ý nghĩa khi có các tiêu chuẩn sau: (1) Bệnh nhân có hình ảnh X quang và lâm sàng phù hợp với chẩn đoán lao phổi và loại trừ được do các bệnh khác; (2) Có 2 mẫu đờm trở lên hoặc chất rửa phế quản soi trực tiếp hay nuôi cấy có trực khuẩn kháng acid. Kết qủa dương tính khi cấy các chất từ sinh thiết mô hay dịch màng phổi cũng giúp cho chẩn đoán. Các thử nghiệm độ nhạy cảm với thuốc khi nuôi cấy mycobacteria không lao nói chung không có ích lợi gì cho lâm sàng và thường không có chỉ định.
Bệnh do M. kansasii đáp ưng tốt với thuốc, chế độ hàng ngày cho rifampin, isoniazid và ethambutol trong 18 – 24 tháng là đủ.
Ngược lại MAC in vitro kháng với hầu hết thuốc kháng lao. Hầu hết bệnh nhân có tổn thương miễn dịch nhiễm khuẩn phổi bởi MAC là trung niên hay người lớn tuổi có bệnh phổi mạn tính cũ. Điều trị nhiễm MAC còn bàn cãi. Hoặc dùng chế độ tiêu chuẩn hoặc chế độ tùy từng người hoặc dùng isoniazid hoặc theo xét nghiệm về độ nhạy cảm với thuốc nhiều phương cách vì chưa có được dữ kiện và kinh nghiệm đầy đủ.
Các chế độ hóa trị liệu truyền thống dùng 5 hay 6 loại thuốc nhưng có những tác dụng phụ do thuốc và không có sự cộng tác của bệnh nhân. Phối hợp 3 hay 4 thuốc, clarithromycin với 2 hoặc 3 trong 5 thuốc sau đây (rifampin, ethambutol, clofazimin, amikacin và ciprofloxacin) bây giờ là điều trị được lựa chọn cho người không bị tổn thương miễn dịch mắc bệnh do MAC hoặc phối hợp rifampin, ethambutol, ciprofloxacin và clofazimin với amikacin hoặc không có amikacin. Các thuốc có tác dụng khác chống MAC là azithromycin, rifabutin (ansamycin), ethionamid, cycloserin và imipenem. Thời gian điều trị tối ưu chưa rõ nhưng nên tiếp tục 12 tháng sau khi đờm đã âm tính. Chữa bằng thuốc đầu tiên có kết qủa trong 2/3 trường hợp, nhưng sau thường tái phát. Kết qủa lâu dài ở các bệnh nhân điều trị thuốc chỉ chừng một nửa. Những người không đáp ứng thuận lợi với điều trị nói chung bệnh hoạt tính nhưng ổn định. Phẫu thuật cắt bỏ được tiến hành cho người có bệnh tiến triển nhưng đáp ứng không tốt với hóa trị liệu. Kết qua của phẫu thuật khả quan.
Việc lan truyền nhiễm MAC ở người còn khả năng miễn dịch thì hiếm. Ngược lại, bệnh nhân AIDS nhiễm MAC xảy ra có tính hệ thống và thường trong giai đoạn muộn. Tiên lượng trong những trường hợp như thế rất tồi. Việc điều trị nhiễm MAC ở bệnh nhân AIDS còn bàn cãi. Có nhiều cách phối hợp thuốc như clarithromycin, isoniazid, ethambutol, rifampin, clofazimin và ansamycin đã được tiến hành. Lợi ích còn chưa được chứng minh nhưng kinh nghiệm gần đây thấy nếu phối hợp thuốc thì các triệu chứng tốt hơn. Khuyến cáo mới đây về điều trị bệnh do bị lây nhiễm MAC là dùng clarithromycin hay azithromycin thêm với một hay nhiều thuốc sau: ethambutol, clofazimin, ciprofloxacin và amikacin. Phải điều trị ít nhất 18 – 24 tháng. Cycloserin và ethionamid nên tránh vì những tác dụng phụ khó chịu. Clarithromycin là một hứa hẹn mới thêm vào các thuốc điều trị nhiễm M. avium intracellulare ở bệnh nhân AIDS nhưng kinh nghiệm còn ít ỏi.
Ritabutin hiện nạy có hiệu qủa phòng nhiễm MAC lan tỏa ở bệnh nhân AIDS có xét nghiệm đếm tế bào CD4 thấp. Rifabutin (uống hàng ngày một lần 300 mg) dễ dung nạp, liều cao gây viêm màng mạch nhỏ.